ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਦੀ ਗ੍ਰਿਫਤਾਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਕੇਂਦਰੀ ਏਜੰਸੀਆਂ ਵੀ ਹੁਣ ਸਰਗਰਮ ਹੋ ਗਈਆਂ ਹਨ। ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਤੋਂ ਨੈਸ਼ਨਲ ਇਨਵੈਸਟੀਗੇਸ਼ਨ ਏਜੰਸੀ (ਐਨਆਈਏ), ਰਿਸਰਚ ਐਂਡ ਐਨਾਲਿਸਿਸ ਵਿੰਗ (ਰਾਅ) ਸਮੇਤ ਹੋਰ ਕੇਂਦਰੀ ਏਜੰਸੀਆਂ ਨੇ ਪੁੱਛਗਿੱਛ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤੀ ਹੈ।
ਸੂਤਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਸਾਰੀਆਂ ਏਜੰਸੀਆਂ ਨੇ ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਦਾ ਪਾਕਿ ਦੀ ਖੁਫੀਆ ਏਜੰਸੀ ਆਈਐਸਆਈ, ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਫੰਡਿੰਗ ਤੇ ਬੱਬਰ ਖਾਲਸਾ ਵਰਗੇ ਸੰਗਠਨਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧ ਹੋਣ ਦੀ ਜਾਂਚ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤੀ ਹੈ। ਪੁਲਿਸ ਦਾ ਕਹਿਣਾ ਹੈ ਕਿ ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਦੀ ਟ੍ਰੇਨਿੰਗ ਲਈ ਆਈਐਸਆਈ ਨੇ ਦੋ ਅੱਤਵਾਦੀ ਸੰਗਠਨਾਂ ਨੂੰ ਕੰਮ ਦਿੱਤਾ ਸੀ।
ਸੂਤਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਐਨਆਈਏ ਤੇ ਰਾਅ ਦੋਵੇਂ ਏਜੰਸੀਆਂ ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਤੋਂ ਪੰਜਾਬ ਵਿੱਚ ਪਾਕਿਸਤਾਨੀ ਅੱਤਵਾਦੀ ਸੰਗਠਨਾਂ ਦੇ ਸਲੀਪਰ ਸੈੱਲ ਤੇ ਏਜੰਟਾਂ ਸਬੰਧੀ ਸੂਚਨਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨੀ ਹੈ।
ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਨੂੰ ਪੰਜਾਬ ਪੁਲਿਸ ਨੇ ਕੱਲ੍ਹ ਮੋਗਾ ਦੇ ਪਿੰਡ ਰੋਡੇ ਤੋਂ ਗ੍ਰਿਫ਼ਤਾਰ ਕਰ ਲਿਆ ਸੀ। ਗ੍ਰਿਫ਼ਤਾਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਨੂੰ ਅਸਮ ਦੀ ਡਿਬਰੂਗੜ੍ਹ ਜੇਲ੍ਹ ਵਿੱਚ ਭੇਜਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਉਸੇ ਜੇਲ੍ਹ ‘ਚ ਅੰਮ੍ਰਿਤਪਾਲ ਸਿੰਘ ਦੇ 9 ਸਾਥੀ ਬੰਦ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ।